Történeti gyűjtemény
A városi múzeum alapításának idején nyilvánvaló volt, hogy természetrajzi kuriózumok, régészeti leletek és néprajzi tárgyak mellett történeti értékű anyag is helyet fog kapni a majdani kiállítóterekben. E címszó alatt a 19. század végén jórészt híres emberek, történelmi események relikviáit, illetve a török kor utáni századok emlékeit értették. Az egyik első nyilvános felajánlás Gömöry Frigyes szabadságharcos honvédszázados nevéhez fűződik, aki 1848-49-es emléktárgyait 1899 októberében adományozta az akkor alapítandó múzeum számára. Ezen relikviák közé tartozik a gyűjteményben ma is őrzött Kossuth címeres kardbojt és néhány egyéb tárgy is, ám nagyobb részüket elsodorták a 20. század viharai.
A múzeum gyűjteménye kezdetben nem oszlott szakágakra. Az 1910-es évektől Dr. Szabó Kálmán múzeumőr a műtárgyak számára két nagyobb gyűjteményi egységet alakított ki, a régiségtárat a régészeti leleteknek, illetve a néprajzi tárat. Utóbbi a nem régészeti korú és néprajzi jellegű tárgyak gyűjtőhelye volt. Így az egy-egy családhoz köthető hagyatékok és céhtörténeti emlékek mellett a főként Kecskeméten fellelt történeti vonatkozású tárgyak a néprajzi tárba kerültek. Ezekből a 21. századra csak mutatóban maradt fenn néhány darab, mint például Jókai Mór kézfejének gipszöntvénye, mely feltehetően az író kecskeméti díszpolgárrá avatásakor készült 1894-ben.
A második világháborús pusztítás után romjaiból felálló múzeum ezt a rendszert vitte tovább, a fennmaradt és az 1950-es években gyűjtött történeti tárgyak továbbra is néprajzi besorolást kaptak. A történeti gyűjtemény 1964-ben vált külön a néprajzitól, mikor is négy új egység jött létre: a történeti tárgyi és a történeti dokumentáció gyűjtemény, valamint a történeti– és a múzeumtörténeti adattár. Negyedikként 1982-ben a történeti fényképgyűjteményt is létrehozták.
Történeti tárgyi gyűjtemény
A történeti tárgyi gyűjtemény főleg a 19. század végi, 20. századi tárgyi kultúra elemeit tartalmazza. Jelentős számban található benne falerisztikai anyag, 20. századi polgári viseletek, köztük több egyenruha is. Nagyobb állományai között kecskeméti vonatkozású tárgyanyaga, az iskolatörténeti gyűjtemény, illetve a 20. század első felének jellegzetes használati tárgyai említhetőek meg. Különleges értéket képviselnek azok az egyesületi és szervezeti zászlók, melyek a második világégést is túlélve kerültek a gyűjteménybe.
Történeti dokumentáció gyűjtemény
A történeti dokumentáció gyűjtemény darabszámában kiemelkedik a többi közül, számos olyan személy hagyatéka megtalálható benne, akik a város életében jelentős szerepet töltöttek be. Közülük megemlítendő Sándor István és Tóth László polgármesterek, emellett Dr. Váry István és Dr. Buday Dezső ügyvédek anyaga, de Imre Gábor képzőművész reklámtervei vagy Irányi István kecskeméti utcákat ábrázoló történeti értékű grafikái is megtalálhatóak benne. Nyomtatványai között 1848-1849-es, I. világháborús és a kollektivizálás korából származó plakátok, 19. század végi színlapok, a kecskeméti kulturális élet megannyi röplapja és hirdetése is megtalálható.
Történeti adattár
A történeti adattár jelentős gyűjteményi állományát oktatási intézmények értesítői (1890-1950-ig) és egyéb 20. századi, Kecskemét és Bács-Kiskun megye vonatkozásában megjelent kisnyomtatványok teszik ki. Az adattári gyűjteményben megtalálhatók többek között olyan jelentős kecskeméti személyek hagyatékai is, mint a második világháború hadmozdulataiban részt vett Tormássy-Szávits Sándor visszaemlékezése.
Múzeumtörténeti adattár
A múzeumtörténeti adattár magában foglalja az intézmény 1945 utáni működésének dokumentumait, amelyek között nagy számban jelen vannak az egyes kiállításokra vonatkozó forgatókönyvek, azokhoz kapcsolódó kisnyomtatványok, illetve azok a dokumentum- és reprofotók, amelyek a tárlatok összeállítása során készültek.
Emellett a gyűjtemény részét képezik a múzeumi évkönyv (Cumania) szerzői kéziratai és a nyomdai kivitelezéshez szükséges illusztrációs anyag.
Történeti fényképgyűjtemény
A történeti fényképgyűjtemény tartalmaz a 20. század első feléből származó papír családi-, csoport-, és kabinetképeket, valamint tablókat is. Legnagyobb része azonban Szabó Imre kecskeméti fényképész üveglemez és celluloidnegatív hagyatékából áll, akinek műtermében az 1930-as évektől az 1950-es évekig Kecskemét lakosságának jó része megfordult és megörökítetett.
